人民银行会计财务系统可以办理以下业务：账务核对、同业对账、交存款、电子报表导入、电子回单接收和对账、流动性查询及清算排队查询、自助转账等。
金融机构之间可以通过综合前置子系统进行同业对账，对账双方自行负责账务核对的真实性。可以采用录入方式和电子报表导入方式通过会计财务系统办理交存款业务。录入或导入的数据应当真实、完整、有效。采用电子报表导入方式的，应当遵循中国人民银行有关报文规范要求。中国人民银行分支机构应当及时确认金融机构提交的交存款信息。接入机构可以通过会计财务系统接收电子回单，进行电子回单对账。对账不符的，可以申请明细信息。接入机构可以通过会计财务系统实时查询发起和接收的所有业务信息。还可以查询本机构及所属机构清算账户和非清算账户余额、可用头寸、预期头寸、日间透支及清算排队情况。
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